С 4 в. до н. э. до 6 в. н. э. на территории С. существовал г. Мараканда — столица государства Согд, вошедший затем в состав Тюркского каганата. В 329 был взят войсками Александра Македонского. В начале 8 в. городом завладели арабы; в 9—10 вв. находился под властью Саманидов; в 11 в. завоёван Караханидами, а затем турками-сельджуками, в середине 12 в. — каракитаями; в начале 13 в. входил во владения хорезмшахов. В 1220 монголо-татары разрушили С. В конце 14 — начале 15 вв. — столица империи Тимура. При Улугбеке была построена астрономическая обсерватория (1424—29). В этот период С. — крупный экономический и культурный центр Средней Азии. В 1500 вошёл в состав Шейбанидов государства, столица которого в середине 16 в. была перенесена из С. в Бухару. В конце 16 в. С. находился в Бухарском ханстве. В 1868 был занят царскими войсками и включен в состав Российской империи, стал центром Зеравшанского округа, с 1887 — Самаркандской областью. В 1896 С. соединён железной дорогой с Красноводском, в 1899 — с Ташкентом. В конце 19 — начале 20 вв. в С. развивается промышленность (хлопкоочистительная, кожевенная, пищевая и др.). Первые революционные выступления рабочих происходили в 80—90-е гг. В начале 20 в. в создании социал-демократических организаций активно участвовали политические ссыльные. Советская власть была провозглашена 28 ноября (11 декабря) 1917. С. вошёл в состав Туркестанской АССР. В 1924—30 С. —столица Узбекской ССР; с 1938 — областной центр. В октябре 1970 отмечалось 2500-летие С.; 5 февраля 1971 С. награжден орденом Ленина.